GO分析绘图

这一篇是上一篇非‘模式’植物玉米GO分析的绘制条形图和气泡图的部分，搁置的太久了。
上一次我们讲到的结果。如下图所示（Biological process）的结果：

GO(BP).png

这个文件里面需要用到term和-LOG10(Pvalue)那两列，所以需要将其提取出来，方法可以使用awk命令行，当然windows就直接excel打开复制粘贴那两列。GO的条目不用全部展示，我选择展示的是前十个。所以对BP,CC,MF，都各取前十个条目进行展示即可（这些都按照p_value从小到大排列的）具体结果如图。

GO_First10.png

接下来使用ggplot2进行绘图，怎么下载这个包就不写了，这个包太常用了，绘图必备啊！这个图实际上就是一个条形图！

setwd("C:/U/work/Directory")
library(ggplot2)    #载入绘图的包
data <- read.table("GO.txt",header = F,sep = "\t")    #读入数据，你也可以有标题。header = T
type <- c(rep("BP",10),rep("CC",10),rep("MF",10))    #文件前十个是BP的term,中间10个是CC的term,最后是MF的term.这个与你之前读入的文件一致，绘图三种不同颜色区分
term <- data$V1 
minus_log10pvalue <-data$V2    #确实不知道怎么添加一个负号命名。
term <- factor(description,levels = rev(term))   #按照输入顺序排列，否则，默认会按照ASCII码进行排列。
###接下来就是ggplot绘图的老套路了。
#指定ggplot绘图的数据,并将图转置
ggplot(data=data,mapping=aes(x=term,y=minus_log10pvalue,fill=type))+coord_flip()+
#设定条形图宽间距等
geom_bar(stat="identity",width=0.5,position = position_dodge(20))+
#去除图例的标题
guides(fill=guide_legend(title=NULL))+
#去除背景的网格线
theme(axis.text.x =element_text(angle=90),panel.background=element_rect(fill='transparent',color ="black"))

就可以看到结果啦！里面的参数还可以修改，可以参考一下别人怎么画条形图的https://blog.csdn.net/u012111465/article/details/72801673

result.png

KEGG的气泡图也比较简单，先把david网站输出的结果整理一下，如下图的结果：

pathway.png

作图：

pathway <- head(read.table("kegg_pathway.txt",sep = "\t",header = T),n = 10)   #只画了前十个pathway的结果
ggplot(pathway,aes(Gene_ratio,pathway)) + geom_point(aes(size = Count,color=-1*log10(PValue)))+scale_colour_gradient(low="green",high="red")+theme(panel.grid.major =element_blank(), panel.grid.minor = element_blank(),panel.background=element_rect(fill='transparent',color ="black"))

放图：

bubbleplot.png