韦恩图

韦恩图在文献中经常会出现，它能够直接体现出几个数据的交集情况。一般我们会选几个GEO的数据集做差异分析，然后对上调基因和下调基因分别取交集。

一、R语言画韦恩图

library("VennDiagram")
GSE54236_up=rownames(deg_GSE54236[deg_GSE54236$g=='up',])
GSE84402_up=rownames(deg_GSE84402[deg_GSE84402$g=='up',])
GSE101685_up=rownames(deg_GSE101685[deg_GSE101685$g=='up',])
  
venn.plot <- venn.diagram(
    x = list(
      GSE54236 = GSE54236_up,
      GSE84402 = GSE84402_up,
      GSE101685 = GSE101685_up
    ),
    filename = "upgenevenn.tiff",
    col = "transparent",
    fill = c("red", "blue", "green"),
    alpha = 0.5,
    label.col = c("darkred", "white", "darkblue", "white",
                  "white", "white", "darkgreen"),
    cex = 2.5,#内标签字体大小
    fontfamily = "serif",
    fontface = "bold",
    cat.default.pos = "outer",#设置标签在圆外面
    #cat.col = c("darkred", "darkblue", "darkgreen"),
    cat.cex = 2,#外标签字体大小
    cat.fontfamily = "serif",
    cat.dist = c(0.05, 0.05, 0.05),#相对圆圈位置
    cat.pos = c(-20,20,180)  #相对12点方向旋转的角度
  )

1.png

二、在线作图网站

http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/

这是我比较喜欢用的一个作韦恩图的网站，在下面提示处粘贴自己的数据，

2.png

点击Submit出图。

3.png
这里的话就是一些个性化的地方没有R语言强，比如颜色等，不过这里提供了SVG格式的图片下载，可以去AI中再进行修图。

其它在线画韦恩图的网站：

https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html

http://jvenn.toulouse.inra.fr/app/example.html

http://www.biovenn.nl/index.php