统计分析与数据挖掘

X-tile 使用:找到最佳Cut-off

2022-02-27  本文已影响0人  可能性之兽

生存曲线的高低风险组的分割有时候是很麻烦的事情,有时候要试很多次才能找到一个核实的分割点,但是实际上这有没有意义有时候感觉是一种玄学,但是实际上早就有一种方法可以判断了,这便是X-tile(04年开发的)X-Tile | Clinical Cancer Research | American Association for Cancer Research (aacrjournals.org)

下面这篇文章便展示使用了这种方法

Large-scale and high-resolution mass spectrometry-based proteomics profiling defines molecular subtypes of esophageal cancer for therapeutic targeting | Nature Communications

我们使用了两种方法来评估蛋白质表达率和患者风险之间的联系。(1) Cox PH 模型。使用单变量 Cox PH 模型估计每种蛋白质的危害比率(HR)、置信区间和 Cox p 值。HR > 1表示该蛋白的表达与患病风险呈正相关,HR < 1表示负相关。如果 Cox p 值 < 0.05,这种相关性被认为是显著的。分别估计了与操作系统和 DFS 的相关性。(2)The X-tile method。根据蛋白质的表达值,采用 X-tile 方法将 EC 患者分为两组。采用对数秩检验方法计算两组生存差异的对数秩 p 值。如果高蛋白表达组的平均存活时间短于低蛋白表达组的平均存活时间,则认为每种蛋白表达与患者风险呈正相关,反之亦然。当对数序列 p 值 < 0.05时,相关性显著。本研究采用 X-tile 方法估计蛋白质表达与 OS 之间的相关性。

而要使用X-tie很简单
【医学生必备技能】教你使用x-tile工具简单获取统计学模型中的最佳cut off值。_哔哩哔哩_bilibili

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