1.下载hg19版本的gtf格式

1.打开ensemble

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2.选择FTP.site

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3.选择current
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4.选择要下载的格式，是gff3还是gtf，我选择的是GTF

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5.点进去之后，选择homo_sapiens
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6.选择注释文件，我下载的是图中的那个，关于这几个的区别，还没研究，研究下再写文章吧
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2.下载hg19版本的gff3格式

1.在上述步骤中的第四步选择gff3格式，会出现这个

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2.点击homo_sapiens

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下载hg38版本的，这个比hg19的要简单了，因为ensemble上优先发布的是最新版的，找hg19还得需要自己找

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2.根据自己的格式选择

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使用gencode下载参考基因组注释文件

1.通过Linux命令下载

#下载基因组注释文件37版本的
cd /home/zhangyihui/my_data/ref_data/hg19/
$ wget ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/gencode/Gencode_human/release_39*/GRCh37_mapping/gencode.v39lift37.annotation.gff3.gz
$ gunzip *.gz && rm -rf *.gz
wget https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_human/release_39/GRCh37_mapping/gencode.v39lift37.annotation.gtf.gz
$ gunzip *.gz && rm -rf *.gz
#下载人类基因组注释文件38版本的
wget http://ftp.ensembl.org/pub/release-105/gff3/homo_sapiens/Homo_sapiens.GRCh38.105.gff3.gz

2.本地下载，之后传到服务器
hg38版本的，百度搜索gencode,进入界面

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直接下载

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hg19的：点击旧版本
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