1 下载安装miniconda

1.1 百度进入“miniconda清华”

链接：清华大学开源软件镜像站

1.2 下载合适的Linux版本

查看服务器是多少位的：uname -a
选择合适版本，右键复制下载链接
进入“biosoft”文件夹：cd ~/biosoft
用“wget”命令下载：wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

1.3 安装

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
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1.4 激活

source ~/.bashrc
参考：演示视频（密码：iwcd4k）

1.5 添加镜像

# 使用清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

# 使用北外镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

2 使用conda

2.1 查看服务器安装软件

conda list

2.2 搜索软件（fastqc为例）

conda search fastqc

2.3 安装软件（fastqc为例）

conda install fastqc -y
【-y是yes，安装过程中conda问你的问题全部回答yes，你可以试试不加-y有什么区别】
对于指定的版本：
conda install fastqc=0.11.7 -y

2.4 卸载软件

conda remove fastqc -y

conda环境变量

查看环境（base）：
conda info --envs
※ 创建新环境（rna-seq）：
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
查看新环境（rna-seq）：
conda info --envs
※ 激活新环境（rna-seq），用户名前出现“rna-seq”：
conda activate rna-seq
在新环境下使用软件，例如（fastqc）:
fastqc
※ 退出新环境（rna-seq），用户名前出现“base”：
conda deactivate

• 致谢：生信星球@刘小泽@小洁忘了怎么分身