GO富集分析

数据来源表达量差异分析的表格，需要log2（foldchange）,Pvalue,FDR

差异基因表达分析.png

上下调基因筛选，上调基因筛选条件log2（foldchange)>=1,Pvalue<=0,05;上调基因筛选条件log2（foldchange)<=1,Pvalue<=0,05

以筛选上调基因为例

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使用的在线软件PANTHER http://www.pantherdb.org/ 可视化漂亮。支持Uniprot ID，

转换基因ID，基因ID为MSU格式为：LOC_Os-Chr-g-number，RAP格式为Os-Chr-g-numbe，Uniprot ID

MSU ID转换为 Uniprot ID（PlantGSEA）；由于PlantGSEA打不开，先用RAP-DB将MSU格式为转换为RAP，再用David将RAP转换为Uniprot ID

1.MSU格式为转换为RAPhttps://rapdb.dna.affrc.go.jp/converter/

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转换结果：点击download as txt下载结果

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2.将RAP转换为Uniprot ID DAVID: Database for Annotation, Visualization, and Integrated Discovery (Laboratory of Human Retrovirology and Immunoinformatics (LHRI); National Institute of Allergies and Infectious Diseases (NIAID); Leidos Biomedical Research, Inc. (LBR) (ncifcrf.gov)

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GO富集分析

http://www.pantherdb.org/

分析结果

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