统计位点测序深度

• 新建文件夹

mkdir depth

• 新建脚本前文件

ls *.bam > flagstat_bam
find *.bam>bam_sample
sed -i "s/.bam/ /g" bam_sample
paste flagstat_bam bam_sample >flagstatbam_list

• 新建脚本

vim depth.sh

cat flagstatbam_list |while read id
do
          arr=(${id})
         bam=${arr[0]}
         sample=${arr[1]}
         samtools depth $bam > depth/$sample.depth.txt &
         done

• 激活并运行脚本

chmod a+x depth.sh
nohup ./depth.sh

• 进入结果文件夹

cd depth