2022-08-30关于MAF（Minor Allele Fre

MAF直接翻译过来就是，次等位基因频率

假设在100个人里面，某条染色体上某个位点有一个SNP，这个SNP位点有三个allele： A, C, G，我们算其中等位基因频率次之的那个频率就是MAF（也就是第二个）。

那么为什么我们平时很多时候都叫他最小等位基因频率呢，因为这个SNP位点上只有两个allen，我们在call snp的过程中，gatk的其中一步就是去除多等位的变异位点，所以频率次之的那一个自然就叫最小等位基因频率了。

MAF的应用具有广泛意义，Hapmap计划将MAF>0.05的SNPs作为首要研究目标，MAF广泛用于gwas研究，太小的MAF往往导致统计效能降低，导致假阳性。