DAY3

Linux环境下的软件安装

一、Linux的App Store——CONDA

什么是CONDA?

• conda是大BOSS，最初为管理Python包而建立，它是一个大的涵盖许多领域的软件包管理器。
• anaconda是总管，职务比conda低，但干的活不少，也是个有内涵的家伙。
• miniconda是区域经理，说白了就是干事的，而且比较专一，主要负责生信领域。（生信星球）
• conda是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。（百度百科）

二、CONDA的下载及安装

step1：查看自己服务器是多少位的：输入命令uname -a。

服务器位
step2：网页搜索“miniconda清华”（是清华的conda镜像）。
清华开源软件镜像
step3：安装python3.6对应的版本，右键复制下载链接。
step4：进入服务器下biosoft目录，用到'wget'命令，wget 刚才复制的链接。
下载

（ps：[for Window]请记住这里的粘贴不是ctrl+c和ctrl+V了，选中，鼠标左键点一下是复制，右键点一下是粘贴；
[for Mac]直接cmd + c 复制，cmd + v粘贴）

step5：安装conda，用到'bash'命令，bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh。

安装
step6：之后无限enter，遇到yes or no都输入yes直到出现下图则安装成功。
安装成功
step7：激活conda输入source ~/.bashrc然后再输入conda测试运行。
激活成功

编码前面出现的(base)想要去掉则输入conda deactivate

step8：添加镜像。

conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels defaults
conda config --add channels r
conda config --add channels bioconda
#清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/               
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/                      
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/          
#USTC
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ 
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ 
conda config --set show_channel_urls yes

ps: 查看channels: conda config --get channels
移除某个channels：conda config --remove channels

三、CONDA的使用

step1：检查已安装软件，输入conda list。

检查已安装列表
step2：搜索软件fastqc（是一个数据质控软件）输入conda search 软件名。
搜索软件
step3：安装软件，输入conda install 软件名 -y(加上-y是自动安装的意思）。

默认安装最新版本，但是有的软件新版本bug比较多，可能需要用到老版本
如果要指定版本号，可以conda install 软件名=0.11.7 -

安装软件
step4：卸载软件，输入conda remove 软件名 -y。
卸载软件

四、CONDA环境

什么是CONDA环境？

生信实战中，需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。
每一个项目都需要不同的软件，另外软件之间的结合也是需要版本要求的，比如A项目你需要用a软件V 1.0版本，但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本，怎么办？
--别想了，办法就是分身！！按照你的项目，定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”。(生信星球)

step1：查看当前的conda环境有什么？输入conda info --envs。

查看

step2：若要处理转录组数据，先建立一个名字是rnaseq的conda环境然后指定Python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic，输入conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y。

建立环境

step3：检查新环境并激活，输入conda activate rna-seq。

激活

step4：输入fastqc尝试运行。

运行

五、卸载CONDA

输入rm -rf ~/miniconda3

六、今日学习总结

什么是镜像？

所谓镜像文件其实和ZIP压缩包类似，它将特定的一系列文件按照一定的格式制作成单一的文件，以方便用户下载和使用，例如一个测试版的操作系统、游戏等。镜像文件不仅具有ZIP压缩包的“合成”功能，它最重要的特点是可以被特定的软件识别并可直接刻录到光盘上。其实通常意义上的镜像文件可以再扩展一下，在镜像文件中可以包含更多的信息。比如说系统文件、引导文件、分区表信息等，这样镜像文件就可以包含一个分区甚至是一块硬盘的所有信息。使用这类镜像文件的经典软件就是Ghost，它同样具备刻录功能，不过它的刻录仅仅是将镜像文件本身保存在光盘上，而通常意义上的刻录软件都可以直接将支持的镜像文件所包含的内容刻录到光盘上。（百度百科）