RPKM, FPKM以及TPM

简单概念

• RPKM (Reads Per Kilobase Million 每千碱基百万个读数)
• FPKM (Fragments Per Kilobase Million 每千碱基百万个碎片)
• TPM (Transcripts Per Kilobase Million每千碱基记录本)

其中当为single-end 测序，RPKM 与 FPKM 是等价的

计算方法

• RPKM/FPKM

其中心思想即是由于基因长度，以及测序深度的不同，导致每个基因在每个样本中得到的reads count必须经过一定的标准化；因为深度约深，基因长度越长， 所得到的reads count越多，这在统计学上是不合理的，因此需要标准化。

上述存在两个变量，即基因长度， 测序深度，因此，将获得的reads count 依次除以 测序深度，基因长度，即同时比较在每1Kb 每百万reads情况下的reads count。

RPKM/FPKM 首先除以测序深度，而后在除以基因长度。
** 注意均以1kb，即百万为一个单位。

• TPM

相对于上述两种情况，TPM 计算的顺序不同。

先以基因长度进行标准化，即mapped reads count / length(kb)

而后以得到的结果计算all reads/1000000（百万为一单位）， 然后在除以all reads即可得到TPM值。

实则TPM即是 RPKM的百分比；
比如：有3个基因（A,B,C） RPKM分别为 12，32，41
则 A基因的TPM为 12*1000000/（12+32+41）， 因此每一个样本的TPM 值之和均等于1000000。

通过RPKM 也可计算TPM，具体可查看What the FPKM? A review of RNA-Seq expression units

参考

• What the FPKM? A review of RNA-Seq expression units