适应性进化软件EasyCodeML使用

软件下载地址：Release EasyCodeML · BioEasy/EasyCodeML · GitHub

图1.应用主界面
EasyCodeML要求的输入文件格式为pml，并提供了相应的工具进行转换（toolsSeqformat convertor）,具体界面如下： 图2. 文件转换工具
软件使用具体参数为：
图3.软件具体参数设置
当运行结束后，一定要先点击Run LRTs按钮，再点击Export输出结果

此软件也可通过命令行启动，其启动命令为:

java -Xmx1024m -Xms512M -jar EasyCodeML.jar

这里给定了最大内存使用堆积量(-Xmx1024m)和最小内存使用堆积量(-Xms512M),该命令也可用于启动linux系统中的EasyCodeML。根据经验-Xmx设置为3072，-Xms设置为1024，线程数为4速度较快。