可能会用到的R语言包(持续更新)
rPlotter
非常方便的在图片中抽提颜色
devEMF
Rstudio不能够直接输出emf格式图片,借助devEMF包可以实现
简单用法
library(devEMF)
emf("bar.emf")
plot(1,1)
dev.off()
或者借助savePlot()函数在原生的Rgui中运行
library(ggplot2)
ggplot()+geom_point(aes(x=1,y=1))
savePlot(filename="practice",type="emf")#文件名不用添加后缀
SRAdb
在生信技能树论坛闲逛的时候发现有人分享的文章,自己记录下来,可能会用到;这个包用来下载测序的原始数据文件,之前自己都是用Aspera来下载,速度很快,不知道这个R包的下载速度如何,有机会尝试一下;使用bioconductor安装,使用方法可以参考帮助文档
diagram
visualising simple graphs, flowcharts, and webs
GDCRNATools
看到简书作者 土豆学生信 分享的文章 TCGA工具-GDCRNATools学习笔记 。记录的原因是看到文章里非常漂亮的热图,可能会用的到。
export 包
Y叔公众号biobabble分享的文章《我不会用illustrator,只会用PPT》,主要功能是可以将R生成的图片导出为ppt, word, excel等格式
ballr
可以抓取NBA的数据
pacMethods
A collection of PCA methods http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/pcaMethods.html
ggbiplot
https://github.com/vqv/ggbiplot 展示PCA分析结果,出图非常漂亮 https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/78863454 详细介绍
skimr
skim()函数简单理解是summary()函数升级版
ggstatsplot
Y叔公众号 biobabble 分享的文章《一条指令把统计+画图都给做了?似乎太美好!》推荐 ggstatsplot,吐槽 ggpubr
vcfR
vcfR is a package intended to help visualize, manipulate and quality filter data in VCF files.
https://knausb.github.io/vcfR_documentation/ 帮助文档