FastQC样本太多，不想一个一个查看？
2021-02-13 本文已影响0人
这是李金辉呀
手里样本数量比较多，fastqc生成报告如果想要一个一个查看，那么需要花费大量的时间。
我们使用一个工具：multiqc
使用conda安装：
用法：
1.安装fastqc与multiqc：
wget http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.5.zip
# 解压fastqc
unzip fastqc_v0.11.5.zip
# 赋与fastqc可执行权限
chmod 755 FastQC/fastqc
conda install -c bioconda -c conda-forge multiqc
multiqc --help # 运行
2.然后再执行fastqc和multiqc主程序
fastqc -t 2 *.fq.gz #-t为设置线程数，可以设置为样本数目，有多少样本，开多少线程。fastqc加上安装路径;-o后为输出目录 -o ./out
multiqc -p --export *fastqc.zip
