使用Cytoscape构建三层网络，并进行模块挖掘

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我这部分要做的是”药物-不良反应-靶点”三层网络

虽然在做网络这方面我也不是很熟练，但是把过程和大家分享一下，可以交流，欢迎指正😊！

前提是已经安装好cytoscape了，没装的可以自己在网上搜一下，直接装还是很方便的。贴个网址👉 https://cytoscape.org/

(一) 首先，数据准备阶段：

1. 建立“药物-不良反应”关系表以及“药物-靶点关系表”

我刚整理好的内容如下：

注：表中对应的两列表示相互关联

2.  建立节点分类表

注：以上内容均写在一个表中即可，type为1对应药物名（去重后），type为2对应靶点名（去重），type为3对应不良反应类型（这里的1，2，3只是标志而已，可以随便设定，能够区分节点类型即可）

(二) 第二步，导入网络：

1.  导入“药物-不良反应”关系表

2.  按如下方式导入关系

得到这一坨↓，看着奇奇怪怪，但是可以继续

3.  以同样的方式导入“药物-靶点”关系网络，之后整体展示如下：

4. 将两个网络整合

(三) 第三步，美化网络：

1. 将之前建立好的节点表以table形式导入：

注：可选择针对的网络，我这里只针对整合网络↓

2. 设置节点样式：

①点击”style”，看”fill color”部分

②点击右边的扩选可进行设定，我这里根据type值而设定不同的填充颜色，“Mapping Type”选择“Discrete Mapping”，分别设定喜欢的颜色。

（形状、大小之类的可以自己设置，我就不一一说了）

③接下来可以选定部分节点，拖动，构图（例如我想选定type类型为3的节点，按如下操作↓）

最终输出来的结果差不多长这样：

可以随你们自己的喜好而定哦~

(四) 第四步，模块挖掘（MCODE）：

1.  首先需要下载MCODE插件（我下载过了，所以在这里给你们稍微演示一下）

点击apps – 搜索MCODE – 安装即可

2.  下载后，点击apps—MCODE

3. 对现有的模块进行分析

① 得到的结果如下：不仅能够看见子模块的构成，还能在网络中显示出来（【捂脸】效果不好但是将就看吧，嘻嘻）

② 想看详细的分析结果，可以点开扩展查看：

好吧，就说到这里啦，我这个结果太不好啦，重新搞去啦，拜拜~