miniConda安装

第一步 下载python3.6对应的miniconda sh脚本安装包

注意所有代码需要在安装软件的目录下输入

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #uname -a 可查看系统版本号

第二步 安装miniconda并激活

注意所有代码均需在安装软件的目录下输入

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
#然后enter，3空格（向下翻页的意思），yes，enter，yes
#出现‘Thank you for installing miniconda3’表示安装完成
source ~/.bashrc
#此命令激活conda
conda
#出现满屏文字表示激活成功

第三步 配置清华镜像

# 使用清华镜像 一行一行复制粘贴 每行enter
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

使用conda安装软件

注意，以下命令均需返回家目录使用

1.conda list #查看当前所有软件列表

(base) bio08@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ cd
(base) bio08@VM-0-10-ubuntu:~$ conda list
# packages in environment at /home/bio08/miniconda3:
#
# Name                    Version                   Build  Channel
_libgcc_mutex             0.1                        main    defaults
asn1crypto                1.2.0                    py37_0    defaults
ca-certificates           2019.10.16                    0    defaults
certifi                   2019.9.11                py37_0    defaults
cffi                      1.13.0           py37h2e261b9_0    defaults
chardet                   3.0.4                 py37_1003    defaults
conda                     4.7.12                   py37_0    defaults
conda-package-handling    1.6.0            py37h7b6447c_0    defaults
cryptography              2.8              py37h1ba5d50_0    defaults
idna                      2.8                      py37_0    defaults
libedit                   3.1.20181209         hc058e9b_0    defaults
libffi                    3.2.1                hd88cf55_4    defaults
libgcc-ng                 9.1.0                hdf63c60_0    defaults
libstdcxx-ng              9.1.0                hdf63c60_0    defaults
ncurses                   6.1                  he6710b0_1    defaults
openssl                   1.1.1d               h7b6447c_3    defaults
pip                       19.3.1                   py37_0    defaults
pycosat                   0.6.3            py37h14c3975_0    defaults
pycparser                 2.19                     py37_0    defaults
pyopenssl                 19.0.0                   py37_0    defaults
pysocks                   1.7.1                    py37_0    defaults
python                    3.7.4                h265db76_1    defaults
readline                  7.0                  h7b6447c_5    defaults
requests                  2.22.0                   py37_0    defaults
ruamel_yaml               0.15.46          py37h14c3975_0    defaults
setuptools                41.4.0                   py37_0    defaults
six                       1.12.0                   py37_0    defaults
sqlite                    3.30.0               h7b6447c_0    defaults
tk                        8.6.8                hbc83047_0    defaults
tqdm                      4.36.1                     py_0    defaults
urllib3                   1.24.2                   py37_0    defaults
wheel                     0.33.6                   py37_0    defaults
xz                        5.2.4                h14c3975_4    defaults
yaml                      0.1.7                had09818_2    defaults
zlib                      1.2.11               h7b6447c_3    defaults
(base) bio08@VM-0-10-ubuntu:~$

conda search fastqc #搜索fastqc软件

Day3 安装成功后找不到fastqd镜像不允许登录.png

**软件安装不成功，卡在这里了

conda install fastqc=0.11.7 - #安装软件

conda remove fastqc -y #卸载软件，y是自动卸载的意思

配置conda环境

查看当前的conda环境

conda info --envs  
#返回结果中，前面带*的就是默认环境

新建环境并安装软件

conda creat -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
#新建了名叫rna-seq的环境，安装了fastqc及trimmomatic两个python3版本软件

激活及退出环境

conda activate rna-seq 
#激活rna-seq环境，就是可以在这个环境下装相应的软件了
conda deactivate
#退出rna-seq环境，就是退出当前激活的环境，回到大环境
#注意这两个命令要前后使用

常用conda命令集合

转载自Amy_Cui

# 查看环境名：
conda info --envs 或conda info -e
# 查看已安装软件列表：
conda list
# 退出环境：
source deactivate
# 更新：
conda update python 
# (conda将python等软件都视为package)
# 假设当前环境是python 3.4, conda会将python升级为3.4.x系列的当前最新版本

# 删除全部packages
conda remove --name/-n wes --all
# 删除某个packages
source activate wes
conda remove multiqc
# 或直接指明name
conda remove -n wes numpy