这一个月经历的生信小坑

2023-10-01  本文已影响0人  球果假水晶蓝
  1. 帮王老师在服务器上构建基因的系统发育树,一共几十个基因,但是把树传到itol上显示只有不到二十个叶节点。最后我发现是非英文符号在基因ID内,影响可视化树。

  2. 用networkx 画节点图,发现系统不兼容。同样的命令在win 上能出图但是Linux 是空白的图。

    nx.draw_networkx_edges(new_graph,
                           pos,
                           arrows=False,
                           style="solid",
                           edge_color=colors)

上面代码改成,就能成功在Linux上运行。

    nx.draw(
        new_graph,
        pos,
        with_labels=False,
        node_size=0,
        arrows=False,
        style="solid",
        edge_color=colors,
        ax=ax,
    )
  1. linux 目录中出现&*这些特殊符号,进不去目录,我建议目录命名除了英文字母和数字以外只使用英文的_-
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