安装

conda install STAR

建立索引

STAR --runThreadN 6 \

--runMode genomeGenerate \#工作模式（建立索引）

--genomeDir output_folder \#索引文件存储位置

--genomeSAindexNbases 12 \#报错，14太大，需要用12

--genomeFastaFiles 00ref/TAIR10_Chr.all.fasta \ #参考基因组

--sjdbGTFfile 00ref/Araport11_GFF3_genes_transposons.201606.gtf \ #注释文件

--sjdbOverhang 149 #可变剪切的预测

进行比对

STAR --runThreadN 5 \

--genomeDir output_folder \

--readFilesCommand zcat \#解压缩文件

--readFilesIn 02clean_data/output_forward_paired.fq.gz \#输入文件位置

 02clean_data/output_reverse_paired.fq.gz \

--outFileNamePrefix 03align_out/sample2_ \ #结果文件

--outSAMtype BAM SortedByCoordinate \ #输出BAM文件并排序

--outBAMsortingThreadN 5 \

--quantMode TranscriptomeSAM GeneCounts #定量分析每个基因上的reads数，为使用RSEM进行定量分析做准备