基因组分析可视化学习一些需要知道的概念基因组学

在终端下调用IGV进行截图

2019-12-17  本文已影响0人  xuzhougeng

安装指南

保证你的服务器已安装如下软件

之后从GitHub上克隆该项目

git clone https://github.com/stevekm/IGV-snapshot-automator.git
cd IGV-snapshot-automator/bin
./get_IGV.sh # 下载2.3.81的IGV

使用测试数据集检查安装状态

python make_IGV_snapshots.py test_data/test_alignments.bam test_data/test_alignments2.bam

最后你会在当前目录下看到一个IGV_Snapshot文件夹目录,说明脚本运行成功。

参数用法

该脚本的主要目的就是截图,因此参数比较简单,原则上只需要提供.bam/.bigwig文件即可。但实际上还有一个非常重要的参数是-g, 因为默认是hg19, 实际上我们会有自己的参考基因组版本。

其他可选参数为

举个例子,对拟南芥基因组进行截图

python /opt/biosoft/IGV-snapshot-automator/make_IGV_snapshots.py -g /data/reference/genome/TAIR10/Athaliana.fa  -r test.bed ath1.bam

当然作者提供的参数比较少,如果对截图有个性化的需求,可以参考IGV控制命令编写自己的脚本进行。

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