基因家族生物信息学分析

gsds绘制基因结构图

2023-02-21  本文已影响0人  爱吃海椒的妹妹

GSDS软件地址:http://gsds.cbi.pku.edu.cn/
使用:
使用gsds绘制基因结构图小百课堂第二讲绘制基因结构小技巧,成为科研小能手!...申小明77的博客-CSDN博客
注意事项:
1、在绘制结构时需要选GFF但是由于该网站的不灵敏性,所以需要反复点选GFF格式,否则格式无法识别

反复将fomat的格式选为GFF

2、需要根据gff的格式要求修改输入的格式,如:第二列的内容替换成".",网站上有格式范例
在选择以文件形式输入时(将excel文件另存为.txt格式),发现无法成功识别,后改为直接复制内容到在线软件的输入框即可识别成功


格式参考

3、在使用GSDS软件时发现出来的结果基因结构中为CDS,并不是文章中经常出现的Exon


出现CDS的基因结构,而非外显子 文章所需要的基因结构组成仅为外显子和内含子

解决方法为删除文件中的UTR行和CDS行,仅保留gene和外显子行

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