PacBio测序的Bam文件转fasta文件
2022-03-24 本文已影响0人
ayunga
需求：
PacBio ccs测序下机数据是bam格式的。而组装软件一般都需要fasta格式，因此需要将源文件转换成fasta格式。
软件：
SMRTlink
pacbio官网：https://www.pacb.com/
下载
使用conda
conda create -n smrtlink
conda activate smrtlink
conda install -c hcc smrtlink-tools
使用
conda activate smrtlink
bam2fasta -o output-perfix input.bam
