2020-07-1 利用在线数据库发生信-ACE2+免疫+COV
题目
ACE2 correlated with immune infiltration serves as a prognostic biomarker in endometrial carcinoma and renal papillary cell carcinoma: implication for COVID-19
摘要
血管紧张素转换酶2（ACE2）是肾素血管紧张素系统的成员，但是，ACE2与UCEC（子宫内膜癌）和KIRP（肾乳头状细胞癌）的预后之间的相关性尚不清楚。我们分析了Oncomine和TIMER数据库中ACE2的表达水平，以及PrognoScan，GEPIA和Kaplan-Meier绘图仪数据库中ACE2与总体生存率的相关性。在TIMER数据库中研究了ACE2与免疫浸润水平和免疫细胞类型标志物之间的相关性。在相关的免疫细胞亚组中进一步进行了基于ACE2表达水平的预后分析。 ACE2启动子甲基化配置文件已在UALCAN数据库中进行了测试。此外，我们使用GSE30589和GSE52920数据库阐明了SARS-CoV感染后体内和体外ACE2表达的变化。 UCEC和KIRP中ACE2升高，高ACE2预后良好。 ACE2的表达与UCEC中KIRP，B细胞，CD4 + T细胞，中性粒细胞和树突细胞免疫浸润水平的巨噬细胞免疫浸润水平呈正相关。 UCEC中，ACE2与B细胞和嗜中性粒细胞，巨噬细胞的类型标志物呈显着正相关，而KIRP中的ACE2与巨噬细胞的类型标志物呈正相关。在UCEC和KIRP中，高浓度的ACE2表达在不同的富集免疫细胞亚组中具有良好的预后。 UCEC和KIRP中ACE2的启动子甲基化水平显着降低。此外，我们发现SAR2-CoV感染后，体内和体外ACE2的表达均降低。总之，ACE2在UCEC和KIRP中的表达显着增加，而ACE2的升高与免疫浸润和预后呈正相关。此外，在UCEC和KIRP的COVID-19患者中，肿瘤组织可能更容易受到SARS-CoV-2感染，这可能会使预后恶化。
方法和材料
Oncomine数据库分析
在Oncomine数据库（https://www.oncomine.org/resource/main.html）中鉴定了ACE2在不同肿瘤中的表达。
PrognoScan，GEPIA和Kaplan-Meier数据库中的生存分析。
为了分析各种肿瘤中ACE2表达的预后，PrognoScan（http://dna00.bio.kyutech.ac.jp/ PrognoScan / index.html），GEPIA（http：// gepia。Cancer-pku.cn） /）和Kaplan-Meier（http://kmplot.com/）数据库分别使用.
TIMER数据库分析
TIMER是一个综合的数据库，可以分析不同肿瘤的免疫侵袭水平以及不同肿瘤的基因表达差异（https://cistrome.shinyapps.io/timer/）。 我们使用TIMER数据库确认了ACE2在各种肿瘤中的表达。 然后使用TIMER算法估算ACE2与肿瘤中免疫浸润（B细胞，CD4 + T细胞，CD8 + T细胞，嗜中性粒细胞，巨噬细胞和树突细胞）的相关性。
UALCAN数据库分析
UALCAN是用于分析癌症OMICS数据的全面的交互式Web资源（http：// ualcan。path.uab.edu/index.html）[32]。 它基于PERL-CGI构建，可用于评估不同基因的甲基化水平。 因此，在UALCAN数据库中分析了ACE2启动子甲基化。
微阵列数据收集
GEO（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/）是公开的可以存档微阵列和其他形式的存储库高通量功能基因组学数据，以及GSE30589和GSE52920的表达谱为在GEO数据库中获得。
结果
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图1.ACE2在不同癌症中的表达水平。 （A）ACE2在不同癌症中与正常组织相比Oncomine数据库。 （B）用TIMER检测TCGA数据库中不同肿瘤类型的ACE2表达水平
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图2.不同癌症中ACE2高表达和低表达的Kaplan-Meier生存曲线比较
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图3. TIMER数据库中UCEC和KIRP中ACE2表达与免疫浸润之间的相关性。
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图4.基于免疫细胞亚组的UCEC和KIRP中ACE2高表达和低表达的Kaplan-Meier生存曲线比较。
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图5. UCEC和KIRP中ACE2的启动子甲基化水平。
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