如何NCBI上传Genbank数据
2021-08-28 本文已影响0人
生信阿拉丁
作者:llama
审稿:童蒙
编辑:amethyst
01 登录NCBI
与前面是相同的步骤,此处就不再重复了,登录完成后同样点击首页的submit进入即可,进入后往下翻页,看到Genbank提交数据,选择对应的选项即可,根据提交的数据不同,进行选择即可,后续的步骤都是类似的,此处以提交叶绿体基因组为示例。
02 填写信息
提交叶绿体基因组用的BankIt这个工具,其他不同类型的基因组选择不同的选项即可,前面的步骤都是一样的,填写对应的信息,同样需要填写Bioproject号和Biosample号,如果没有,就填写no,网页会自动进行跳转至Bioproject号申请和Biosample号申请的界面,填写对应信息即可。
03 上传数据
叶绿体基因组除了上传基因组的fasta数据之外,还需要上传注释的tbl文件,此文件可以通过多种注释软件获得,或者自己造一个也是可以的,但是必须满足NCBI所要求的五列格式,格式如下:
其中第一列为起始位置;第二列为终止位置,其中<和>表示正反向;第三列为特征名,例如:CDS,mRNA,rRNA,gene或exon;第四列为限定词的类型,例如:product,number,gene或note;第五列为限定词的相关描述。
上传完成后,最后一步同样为再次检查信息,检查完成后,同样会发送邮件给对应的邮箱,如果后续需要修改信息,同样可以发送邮件给NCBI的工作人员。