2021-07-15 变废为宝——Ribo-seq数据的另类应用
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Ribosome profiling（Ribo-seq）是一种可以在全基因组水平上监测蛋白质翻译水平的高通量测序方法，给研究细胞内蛋白质的翻译调控机制带来了新的可能。但Ribo-seq的数据并不是仅限于进行蛋白质翻译效率的评估。Ribo-seq同样可以用于进行RNA结合蛋白保护的RNA片段的鉴定。今天要分析的这项研究就是基于Ribo-seq数据开发了Rfoot算法，用于从Ribo-seq数据中鉴定到RBP-RNA互作的片段。
Rfoot
三言两语
1. Ribo-seq的一个基本原理是：被核糖体保护的RNA可以耐受RNase的消化，从而得以保存，而实际上一些RBP/蛋白复合物保护的RNA同样可以耐受RNase的消化，从而被保留。通过富集这些被保护的RNA，结合高通量测序技术可以鉴定到细胞中被RBP/蛋白复合物保护的RNA区域。
2.常规的Ribo-seq技术主要通过分析所获得序列的3nt周期（密码子是3nt）分布规律进行蛋白质基因的鉴定与蛋白质翻译效率的分析。因此，针对那些非3nt周期分布的RNA序列进行分析，可以鉴定到蛋白结合的RNA区域。如下图，基于Ribo-seq数据鉴定的C/D box snoRNA上被蛋白保护的区域。这种分析的意义在于，可以快速识别RNA的潜在功能区（被蛋白保护的区域）。
box C/D snoRNA 上被蛋白保护的RNA区域
Reference
Ji, Z., Song, R., Huang, H., Regev, A. & Struhl, K. Transcriptome-scale RNase-footprinting of RNA-protein complexes. Nat Biotechnol 34, 410-413 (2016).
