linux简单命令（grep,awk,sed）

pwd：列出当前目录的完整路径，明确你在哪；

cd ：跳转到其他目录，两个好用的cd命令，"cd -" 跳回最近一次的目录，"cd .." 退回上一层目录；

ls：列出当前目录内容，最好加上 -l -rt 参数，会更加清晰，目的是明确目录下都有什么；

mkdir：创建目录；

rm：删除文件或者目录；

mv：重命名文件或者目录；

cat：打开文本文件，内容输出到屏幕； 

less -SN：打开文本文件，这个是查看文本文件更合适的方式；

head -n：查看文件前n行；

tail -n：查看文件尾n行；

wc -l：计算文本文件的行数；

”|“： 管道操作；

du -sh ./: 检查当前目录所占空间大小；

bc -l：启动Terminal下的计算器，可以在这里进行简单的数学运算，输入"quit"就可以退出；

chmod：修改文件或者目录权限；

生成单行序列FASTA 文件，提取特定基因的序列，最简单的是使用grep 命令

grep

grep 在前面也提到过，以后还会经常提到，主要用途是匹配文件中的字符串，以此为基础，进行一系列的操作。

awk

awk 对文件是按行操作的，{} 里面的语句会对文件的每一行都进行判断或操作，循环执行

awk 读取单个文件时的基本语法格式是awk 'BEGIN{OFS=FS="\t"}{print $0, $1;}' filename。

• OFS: 文件输出时的列分隔符(output field separtor)

• FS: 文件输入时的列分隔符(field separtor)

• BEGIN: 设置初始参数，初始化变量

• END: 读完文件后做最终的处理

• 其它{}：循环读取文件的每一行

• $0 表示一行内容；$1, $2, … $NF 表示第一列，第二列到最后一列。

• NF (number of fields) 文件多少列；NR (number of rows) 文件读了多少行: FNR 当前文件读了多少行，常用于多文件操作时。

sed

sed 是stream editor 的简称，擅长对文件进行各种正则操作、插入操作、替换操作和删除操作，可以全局，可以指定特定范围的行或者特定特征的行。