linux是什么？

• 与windows、mac一样是操作系统
• 以开源、免费、稳定、安全为特点
• 应用于服务器
• 支持多人独立使用

• 目录结构（文件夹）
  

  区别于windows的C/D/E/F盘，Linux文件系统呈树状，每个用户能到达的最高级目录“宿主目录”，即用户登录时所在的目录，宿主目录放在home目录下

为什么Linux

这是因为生物软件基于linux，系统开源、免费，不需要图形界面，有效节约资源。命令行模式可以批量、高效地处理文件，满足数据分析的要求。当需要跑几十、几百G数据的时候，用windows，电脑立刻就挂了。

如何登陆Linux

• windows
  见生信星球推文生信小白第一天-0成本召唤linux

• mac
  自带终端或者iTerm

• 本地服务器上的linux

• 云服务器上的linux
  mac使用终端或者iTerm登陆，命令行输入

ssh 用户名@ip地址，例如ssh bio03@120.110.xxx

windows需要先下载xshell

Linux常用命令

• pwd: print working directory 显示当前路径
• mkdirmake directory 创建空目录

-p 一次性创建多层次的目录
-p+shell参数扩展 创建多层次、多维度的目录树

mkdir -p Project/{a,b,c,d}/src #建立目录Project，其中含有4个文件夹a, b, c, d，且这4个文件都含有一个src文件夹

• ls 显示列表，不管是目录还是文件，都能显示

option:
-a 显示所有文件及目录 (. 开头的隐藏文件也会列出)
-l 除文件名称外，亦将文件型态、权限、拥有者、文件大小等资讯详细列出
-r 将文件以相反次序显示(原定依英文字母次序)
-t 将文件依建立时间之先后次序列出
-A 同 -a ，但不列出 "." (目前目录) 及 ".." (父目录)
-k以 k 字节的形式表示文件的大小
-l列出文件的详细信息（简写ll）
-s在每个文件名后输出该文件的大小
-u以文件上次被访问的时间排序。
-S以文件大小排序。
-R列出所有子目录下的文件
-p -F在每个文件名后附上一个字符以说明该文件的类型。"*":表示可执行的普通文件；"/":表示目录；“@”:表示符号链接；“|”:表示FIFOs；“=”:表示套接字
-X以文件的扩展名(最后一个 . 后的字符)排序
-m横向输出文件名，并以“，”作分格符。
--color=no不显示彩色文件名

-d 将目录象文件一样显示，而不是显示其下的文件
-1 一行只输出一个文件

• rm remove 删除
  删除的操作对象分为三类：普通文件、空目录、有内容的目录。他们的对应的命令是略有不同的。

（1）删除文件--rm
（2）删除空目录--rmdir
（3）删除非空目录--rm -r
注意这三个命令后面都要跟上要删除的文件或目录名。

option:
-r 递归，多级目录一并删除
-f 强制删除，不用任何提示

• i 提示用户在删除前确认

• l 在删除超过三个文件或者递归删除前要求确认

• cd change directory 更换目录位置
  cd -返回刚才的目录
  cd ~或直接cd 返回家目录

• vi新建脚本或者文本文档（vi是linux中的文本编辑器)

• 查看文件

cat+文本文件的名字，查看并直接将文本文件的内容输出到屏幕。要退出cat, 摁q。否则下面的命令都没办法运行

head默认输出前10行

tail默认输出后10行

option:
-n 自定义输出几行

• cp copy 复制文件
  cp file1 file2

• mv move 移动或重命名文件
  mv file 路径 移动file到某路径下
  mv file1 file2 将file1重命名为file2

系统学习Linux
b站：马哥Linux视频课程

一些问题

• ls输出的是横向的列表，怎样输出长格式列表
  ls -1
• 如何查看长格式列表中文件的大小？
  ll
• 查看Linux系统版本、内存与硬盘空间？

查看系统版本:lsb_release -a

查看系统内存大小:free -m, free- g（Gb显示）

Swap为虚拟内存，当物理内存不够时,系统就会使用到swap,但swap速度比真实内存的速度要慢的多,当电脑用到swap的时候,说明内存不够了,需要加内存

查看硬盘空间: df -hl

• 怎样建立类似/tmp/tmp1/tmp1.1 这样的层级目录
  mkdir -p /tmp/tmp1/tmp1.1

• 怎样删除这些层级目录
  rm -r