生物信息学中常用的linux命令（一）

linux命令非常多，但在生物信息学中经常用到的linux命令也就十几个，这些命令主要是用在两个方面

• 目录和文件管理
• 进程管理

学会些linux命令，大部分生物信息学的上游分析，如RNA-seq、WGS等数据分析就都可以完成了。

如果说碰到其它个别其它需求的，那我们只需单独再去找下相关资料学习一下即可。目前，我用这些命令都能完成我的需求。

但如果需要查看某些文件里面的内容或统计某些数据，那么可能还需要学一些正则表达式，我一般是碰到这种需求后再去网上找相关资料，有时间还是需要系统的学一下，因为在后面的编程中也是经常要用到正则表达式。

一、目录和文件管理

1、创建目录：mkdir

#创建test目录
mkdir test
#加-p参数就会一并建立上层目录
mkdir -p test/newdir

2、删除目录：rmdir

#test是空目录
rmdir test
#如果test不是空目录
rmdir -r test

3、切换目录：cd

cd /path/dirname/

4、列出目录内容：ls

ls dirname
#文件大小按’K’，’M’，’G’来显示
ls -lh dirname

5、显示工作目录绝对路径：pwd

6、创建一个空文件：touch

#创建一个名为newfile的空文件
touch newfile

7、复制文件：cp

#将file1复制并重命名为file2
cp file1 file2
#一个目录及目录内所有文件到另一个目录
cp -r dir1 dir2 #若dir2已存在，dir1复制到dir2下，若不存在，dir1复制并重命名为dir2

8、移动或更名现有的文件或目录：mv

#将file1重命名为file2
mv file1 file2 
#将file1，file2移动到dirname/目录下
mv file1 file2 dirname/ 
#若目录dir2已存在，dir1移动到dir2下，若dir2不存在，dir1移动并重命名为dir2
mv dir1 dir2 

9、删除目录或文件：rm

#删除file1[file2 …]
rm file1 [file2 …] 
#删除dir1 [dir2 …] 目录及目录下所有文件
rm -r dir1 [dir2 …] 

10、查看文件内容：less

#-S 每行不显示长于屏幕宽度的字符（默认显示在下一行）
#-N 显示行号
less -SN file

11、显示文件开头部分：head

#显示file文件的头10行的内容
head file 
#显示file文件头100行的内容
head -n 100 file 

12、显示文件末尾部分：tail

#显示file文件的末尾10行的内容
tail file 
#显示file文件末尾100行的内容
tail -n 100 file 

13、显示文件每行指定范围的字符：cut

#显示文件file每行开头的10个字符
cut -c 1-10 file 
#显示文件file每行开头10列（以“\t”分割）
cut -f 1-10 file 
#显示文件file第二列（以空格分割）
cut -d “ ” -f 2 

14、将文件连接后显示到标准输出：cat

#将file文件的内容显示到屏幕。
cat file 
#将file内容加行号后重定向到newfile中。
cat -n file > newfile 
#将file1和file2的内容重定向到newfile。
cat file1 file2 > newfile 
#将file1和file2的内容追加到file文件的末尾。
cat file1 file2 >> file 
 #生成file文件并将“new word”添加到文件中。
cat > file
new word