Week6— 写好研究论文的十条简单规则
If you walk the foootsteps of a stranger, you'll learn things you never knew.
偶然看到华盛顿大学Weixiong Zhang老师14年发表在PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY上的一篇文章，讨论了写研究论文的10条规则，感觉对我这种正准备写研究论文和毕业论文的入门者还是很受用。简单概括分享。
DOI/html: * https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1003453
写作能力好对学术和职业发展的促进和益处可能远超我们的想象。对于步入科研道路的小硕士或老博士，写好研究论文，发表paper，也是顺利毕业的一个保障。无论你是正在写文章，或正在投稿，亦或是刚刚开始做实验还没有写文章，下面的几个原则对你的基础研究和撰写文章或许都有些启示。
1. 做研究和写文章要相互补充
写文章和做研究是一体的，不能相互分开。设计一个课题时脑海里就应该有一篇文章的概貌，文章的一个整体构思同时可以帮助明确研究目的、设计实验的逻辑流程、选择要用的材料和数据。而且，写文章时可以重新评估整个课题设计，实验的逻辑，检查研究结果的正确性。结果有可能是需要调整整个研究，修改课题设计，收集新的数据。
文章是对研究过程和结果的总结，研究过程是探索性的，写成科研论文是总结性的，探索的过程中要不断总结，同时根据总结的知识，随时调整研究方向和方法，相互辅助。Make It a Driving Force 说的也是在实际的科研过程中要不断总结，不断写作。
2. 不要眉毛胡子一把抓，有所取舍
一个课题可能不只一个假设或目标，数据和结果可能用于不同研究目的的论据，一个现象或过程可能发现了受多种因子影响，最终的研究结果或许写成多篇文章。但是一篇文章需要选择一条主线讲故事，关注课题的假设和目标，选择重要的、完整的、连贯性好的结果展现在文章中，不要企图眉毛胡子一把抓，什么都想写进去，却没有中心和目的，这样反倒结论论证不清楚。
Less is more
3. 选择合适的读者
在写作初期除了要确定关注的故事角度，还要选择合适的读者，合适的杂志。如对一个生物问题的计算学研究，读者经常是生物学家或计算学家，或两者都有，对不同的读者文章的构架和叙述故事的方式和细节水平上有所不同。
Pick the Right Audience
4. 要有逻辑
清晰的逻辑是优秀的写作和读者流畅阅读的基础。实验可能是独立进行，结果要根据论点适当调整顺序展现，而不是按照实验开展的前后，或者数据分析的模块堆砌。
Be Logical
5. 要保持文章的周密和完整性
完整性是研究文章的基石，包括内容和呈现方式。首先研究中提出的假设相关的重要问题应该有详细的支持数据论证，如果篇幅限制，可以关注有充分的实验结果的一或两个主要问题（这个参照第2规则），其他的可以作为附录。第二点是不要简单陈述图表中呈现的内容，会使文章显得重复，因为图表一眼就可以看到这些本身包含的信息，而是应该在故事的背景下解释这些图表所反映的结果，所支持的观点，在讨论中还要加入他们的应用和存在的问题。第三点适量的背景介绍。如用到的统计学检验，统计学家和计算生物学家可能熟悉，但是其他人可能不是很清楚，所以要提供背景介绍或相关介绍的引用。第四点避免让读者做算术计算或推测结果，要足够清晰的表达数据包含的内容。第五点图表是一篇文章必要组成，能比文字表述更直观的呈现结果，图表信息如图标题、标签等也应注意清晰和直观。
Be Thorough and Make It Complete
6. 简洁明了
第五点讲了完整性，但并不是说要写一些不必要的描述性、重复性或冗长的句子。过于复杂的写作会使读者分心、感到无聊，也增加阅读的复担。简单精确地传递信息才是最重要的。一个优秀的例子就是Watson和Crick关于DNA双螺旋结构的研究论文，总共才两页。
Be Concise
7. 艺术性
初稿写完，需要多次润色，提高英语表述的艺术性、准确性以及可读性。
Be Artistic
8. 自己评判文章
一篇文章通常要经过多轮的修改，修改过程中保持积极的态度有助于解决写作中大多问题。同时要客观和诚实的对待自己的工作，不要夸大或遍地结果的重要性。通过写文章和改文章，你可能最终成为你自己工作的最好裁判。因此，在修改草稿时，站在评审人员的角度，去评判工作的重要性，故事的逻辑性，结果和结论的正确性，材料的介绍是否充分等。不要害怕丢掉你最初写的章节，重新开始写。在让其他人评审前，自己可以通过这种站在他人角度审判自己的文章的方法去修改。这可能会很痛苦，写一篇文章可能会觉得像被扒了层皮似的。但最终的手稿会更合理，更有条理。
Be Your Own Judge
9. 提前解决评审专家可能问的问题
预测评审专家可能关心的问题、会提出的评论，针对这些问题在投稿前先发制人的解决了。这个过程其实也就是收集同事、老师等其他人的反馈和批评，和他们讨论他们的建议和评论，解决需要修改的问题。
Test the Water in Your Own Backyard
10. 认真对待评审的意见
如果文章被拒或给了一个很差的反馈，理性看待评审的意见，采纳合适、正确的建议，修改不合适的内容。
Build a Virtual Team of Collaborators
最后附上飞哥关于记录和写作的看法：
思考问题的熊
