单细胞分析tips

R语言cowplot函数接收列表list内容批量拼接图片布局

2022-05-20  本文已影响0人  Norahd

这是一般的聚类图

mini.sc <- readRDS("mini.sc.rds")
DimPlot(mini.sc,group.by = "class",label = T,cols = cols,label.size = 5,label.box = T,pt.size = 3)
所有簇的点分不同颜色展示

突出显示每个簇的分布展示

plist <- sort(unique(mini.sc$class))#簇类list
> plist
[1] A B C D

###对每个簇进行的细胞突出显示绘图
f <- function(x){
    cell.id <- rownames( mini.sc@meta.data[which(mini.sc@meta.data$class == x),])  #挑选要突出显示的细胞
    DimPlot(mini.sc,reduction = "umap",group.by = "class",cells.highlight = cell.id,raster=FALSE)+NoLegend()+ggplot2::ggtitle(x)
}

plots <- lapply(plist,FUN = f) #通过lapply循环遍历plist绘图,结果保存到list中
p <- cowplot::plot_grid(plotlist = plots,ncol =2 ) #对plots内的图像元素进行排版
ggplot2::ggsave(plot = p,"myplot.png",bg="#FFFFFF",width = 4*2,height = 4*ceiling(length(plots)/2),dpi=300,limitsize = F)

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