学习小组Day3笔记--安之若素

Conda的安装与初步使用

• Conda是Linux环境下的软件安装与管理工具
• 相当于应用商店，日常生信使用miniconda即可

miniconda的下载与安装

• 从清华镜像下载miniconda3安装包
  wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
• 安装miniconda3
  bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh (会安装在用户目录下)
  source ~/.bashrc (激活conda)
• 配置下载软件的镜像网站

  conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
  conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
  conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
  conda config --set show_channel_urls yes
  

miniconda3的基础使用

• 查看软件列表
  conda list
• 查找软件
  conda search fastqc
• 安装软件

  conda install fastqc -y #默认安装最新版fastqc
  conda install fastqc=0.11.7 -y #安装指定版本fastqc
  

• 卸载软件
  conda remove fastqc -y
• conda环境(envs)
  • 创建conda环境
    conda create -n methylation
  • 查看conda环境
    conda info --envs
  • 激活conda环境
    conda activate methylation
  • 退出当前conda环境
    conda deactivate