基因家族鉴定 hmmer+blast (含hmmer安装)
策略
hmmsearch + blast
单独使用或者组合使用
hmmsearch可以做两次，第一次使用pfam中的多序列比对结果构建模型进行搜索，筛选过结构域后，使用本物种的该基因家族的多序列比对结果再次构建模型，进行搜索
blast常用拟南芥、水稻
准备
conda 安装hmmer
conda create -n protein python=2 #创建环境
conda activate protein #激活环境
conda install -y hmmer
hmmer-3.2.1 | 7.1 MB | ########################################################################################## | 100%
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
##安装成功
准备数据
基因组文件：包括cds\pep\gff
拟南芥的某基因家族蛋白序列
从Pfam库下载hidden Markov model (HMM) profile
主页输入PF号；跳转后的页面选择Alignments条目；format选择stockholm格式；点击generate，会下载一个txt文件
步骤
hmmsearch
激活环境，前面会显示环境名称
conda activate protein
构建模型
hmmbuild :: profile HMM construction from multiple sequence alignments
hmmbuild pf00067.hmm PF00067_seed.txt
搜索
hmmsearch: Search a protein profile HMM against a protein sequence database.
hmmsearch pf00067.hmm protein.fasta > out1
输出文件的解读见《hmmer使用手册》
得到候选基因集1
blastp
query：拟南芥基因家族蛋白
DB：你的基因组蛋白文件
program：blastp
建库
makeblastdb -in input_file -dbtype molecule_type -parse_seqids -out database_name -logfile File_Name
-in query 序列文件
-dbtype 后接序列类型，nucl为核酸，prot为蛋白 -parse_seqids 推荐加上 -out 后接数据库名 -logfile 日志文件，如果没有默认输出到屏幕
比对
blastp -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5
-query： 输入文件路径及文件名 -out：输出文件路径及文件名 -db：格式化了的数据库路径及数据库名（就是建库时候的数据库名） -outfmt：输出文件格式，总共有12种格式，6是tabular格式对应之前BLAST的m8格式，不写该参数，默认输出比对文件 -evalue：设置输出结果的e-value值 -num_alignments 显示比对数Default = 250 -num_descriptions：单行描述的最大数目 default=50 -num_threads：线程
合并去重
excel表可以做到
使用TBtools提取候选id的蛋白序列
使用TBtools提取序列.png
验证结构域
Pfam
SMART
http://smart.embl-heidelberg.de/#
Single模式支持没找到结果就预测并返回。而Batch模式，则只支持数据库中已收录结果的返回
使用 sequence analysis 模块，批量搜索入口在问号里。TBtools 有个插件可以批量
NCBI Conserved Domains
Domain 预测不到，或者 Domain 不完整，不代表不存在，可能只是算法敏感度的问题
多序列比对，手动检查保守结构域
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/wrpsb.cgi 支持蛋白序列、核酸序列，单条
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/bwrpsb/bwrpsb.cgi 支持多条(a file)，只支持蛋白序列
结果解读： https://www.sohu.com/a/216315762_419916
specific hits meet or exceed a domain-specific e-value threshold (illustrated example) and represent a very high confidence that the query sequence belongs to the same protein family as the sequences use to create the domain model non-specific hits meet or exceed the RPS-BLAST threshold for statistical significance (default E-value cutoff of 0.01,or an E-value selected by user via the advanced search options)
去除无结构域的序列
人工矫正结构注释
对于结构域不完整的（partial），或者length明显过长的（可能是2-3个基因合到一起了），需要手动进行基因结构注释的矫正。
根据GFF文件，找到该基因所在基因组上的位置
根据位置提取基因组上下游序列（看序列长度，如+-3000bp）
将序列blastx NR数据库，根据比对结果，比着序列翻译的3种读码框，寻找GT...AG内含子
同时可以用基因结构预测网站辅助
ref：
什么是conda: https://www.jianshu.com/p/edaa744ea47d
HMMER 官方手册
