GSEA分析

非常全的富集分析
GSEA分析
GSEA软件分析指定term在实验组和对照组的变化。
一、需要准备两个txt文件：

• term.gmx
  用来储存term对应的gene symbol

  
  image.png
  

  如果有很多term想看，后面可以再加一列，输入对应term名称以及term里面所包含的gene symbol；

• res.rnk
  经过排序（可以选择Foldchange或者p value进行排序）的差异表达结果，包含两列，第一列是gene symbol， 第二列是Foldchange或者p value

  
  image.png
  

  二、load数据
  三、选择Run GSEAPreranked—选择相应参数—Run—点击左下方success，可以查看相应结果。
  如果你的矩阵文件没有基因symbol，只有探针名，则需要选择collapse，使用基因ID和symbol则选择NO_Collapse

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感谢wl师兄