1.1 Linux下指定R包的安装路径

export R_LIBS_USER = /your/path/

source  ~/.bashrc

1.2 安装相关包

利用 BiocManager 安装

install.packages("BiocManager")

library(BiocManager)

安装相关包（具体 R 包见下加载相关包），比如：

BiocManager::install("multtest")

加载相关包

library(multtest)

library(gplots)

library(LDheatmap)

library(genetics)

library(ape)

library(EMMREML)

library(compiler)

library(scatterplot3d)

library(grid)

library(bigmemory)

library(nloptr)

library(snpStats)

library(Matrix)

如果部分包不加载，运行计算的时候会报错。

1.3 安装 GAPIT

source("http://zzlab.net/GAPIT/GAPIT.library.R")

source("http://zzlab.net/GAPIT/gapit_functions.txt")

之后就可以调用 GAPIT 函数了。

相关链接：

GWAS分析（R包GAPIT）之一（相关包的安装）

GWAS分析（R包GAPIT）之二（数据准备）

GWAS分析（R包GAPIT）之三（计算运行）