蛋白质互作网络挖掘中Hub Genes选择

转自 https://shengxin.ren/article/376

  Hub基因通常都是具有代表性的一些基因，如何从众多基因集中找出它的真身呢？今天小编给大家介绍以下Cytoscape中的Cytohubba模块。

    Cytohubba是Cytoscape软件用于识别hub节点的插件，那么如何操作来让我们一见分晓：

    首先，准备好我们的网络文件，导入Cytoscape中；

    接下来，打开cytohubba的界面，点击calculate；

    计算方法的选择，上方hubba nodes为通过特定方法选择top数量的hub节点；下方particular nodes为选则特定的节点分析；

    当选择top的hub节点后，可设定top数量及方法（红框内）；

    几个方法的定义如下（这个大家根据情况选择合适方法）：

Local-based method包括四种

Global-based method主要有7个方法

选好后按下方submit提交即可，右侧结果界面会出现hub节点的label及排序，导出保存表格还包括score；

网络界面会展示这些hub节点在网络中的连接情况，节点颜色越深代表分值越高。同样可以输出保存为pdf；