基因序列常用操作
2020-09-16 本文已影响0人
BioGou
提取指定区域基因组序列
- 单个序列,samtools faidx 提取:
samtools faidx reference.fa chr1:1000-1100
- 多个区域序列提取,构建区域bed文件, 利用bedtools提取:
bedtools getfasta -fi reference.fa -bed target.bed -fo output.fa
samtools faidx reference.fa chr1:1000-1100
bedtools getfasta -fi reference.fa -bed target.bed -fo output.fa