了解conda

• linux 的应用商店（用于下载各种软件）
• miniconda ：精简版conda 主要用于生信

下载安装miniconda

1. 先查看服务器版本 ： uname -a， 选择对应最新版本。
2. wget 清华镜像
3. 安装：

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

(bash 命令貌似很多用，需加深了解)

4. 激活（切记!）：

source ~/.bashrc

输入conda 命令来验证是否成功。

5. 添加镜像：加快下载速度

conda 的使用

• conda list :查看当前所有软件列表
• conda search fastqc : 搜索软件
• conda install fastqc（软件名） -y ，conda install fastqc=0.11.7 -y 指定版本号
  -y 可以自动安装到底。 没有-y 安装时候需要自己确认
• conda remove fastqc -y： 卸载软件

conda 环境

• conda环境的概念 ：

生信实战中，需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。每一个项目都需要不同的软件，另外软件之间的结合也是需要版本要求的，比如A项目你需要用a软件V 1.0版本，但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本，怎么办？
按照你的项目，定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”。-From 生信星球

• conda info --envs ：查看环境
• conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y 新建环境，rna-seq 环境名， ptyhon=3 指定python版本号， 安装fastqc trimmomatic 两个软件。
• conda activate rna-seq （新环境需激活）