snpEff注释变异

2022-11-29  本文已影响0人  pumpkinC

第一步:建库

1. 添加Z1v2.genome:Z1v2到snpEff.config,任意一行就行;
2. 在data里面新建genomes文件夹,放入基因组文件”Z1v2.fa“;
3. 在data里面新建Z1v2文件夹,放入基因注释文件,并改名为”genes.gff“;
完成后,运行下面脚本:
java   -jar  snpEff.jar       build  -gff3 -v   Z1v2

第二步:注释

java -Xmx20g  -jar  /120t/caix/src/snpEff/snpEff.jar  ann   -c /120t/caix/src/snpEff/snpEff.conf   ChiifuV31 ChiifuV3.chr.snp.filtered.vcf.gz  > ChiifuV3.chr.snp.filtered.snpEff.vcf

#bgzip ChiifuV3.chr.snp.filtered.snpEff.vcf
#tabix -p vcf  ZChiifuV3.chr.snp.filtered.snpEff.vcf.gz
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