转录组数据上传到SRA
2018-05-10 本文已影响1316人
石博士
转录组数据上传教程（SRA）
为什么要上传
我们在投稿之前都要把数据上传才能发表。但是，数据上传如果不知道一些套路的话，会很麻烦。笔者曾经在博士期间被转录组数据上传弄得焦头烂额，直接被老板鄙视。
那么，转录组数据上传到底要怎么搞呢？
为了让大家不再走我的弯路，把上传的经验整理了一个教程。
上传数据全流程
上传的过程比较简单，不包括上传数据的时间，大概一个小时就搞定了。
注册帐号
上传之前首先要注册一个NCBI帐号。这个就不教了。
新建NCBI上传
-
在NCBI的首页点Submit
image
-
然后选择上面的SRA，千万别选错了，选成下面的SRA会很麻烦很麻烦的（别问我是怎么知道的）
image
-
然后点New submission
image
完成认证
-
然后会提示你完成认证，至少有一个科研单位/大学的email
image
完善信息
-
这两个都选NO，为了省事。
image
-
填写相关项目信息
image
-
然后选数据类型，这里我选的是plant sample
image
- 接下来就是最关键的部分了：填写数据相关表格
-
填写Attributes
image
- 具体方法可以参考我的例子或NCBI的例子，从这里下载，密码为kt79。如果不确定可以先参考下面的图片试着填一下，但是一定要注意：拉丁名一定要写对，否则可能需要至少2天才能改过来（需要NCBI人工修改）。
-
我的最终版本如下：
image
-
然后是完成metadata的表格填写
image
-
这一步可以参考我的最终版本(右键点开查看大图）：
image
-
这一步可以参考我的最终版本(右键点开查看大图）：
-
填写Attributes
开始上传数据。
-
如果数据较多就选第一个，较少就用http网页上传就可以了：
image
-
下面介绍如何用aspera批量上传大量数据。选中preload之后，会在下面出现相关的aspera命令和key。下载key到本地。
image
-
以mac系统为例：下载aspera
image
- 安装aspera之后，输入以下代码，将aspera加入到环境变量，方便使用：
cd ~/Applications/Aspera\ Connect.app/Contents/Resources/
echo "alias ascp='$PWD/ascp'" >> ~/.bash_profile
source ~/.bash_profile
-
使用网页上给出的命令，上传数据（注意，-i后面是之前下载的key的绝对路径）：
image
-
上传速度还不错，大概5min能上传2G。上传完所有的数据之后等上10-15min，可以出现下面的选项：
image
-
注意，如果少上传了数据，NCBI会提示你继续上传；但是如果上传多了，直接点下一步就可以了，NCBI会自动忽略多余的文件：
image
完成上传：
-
上传完了之后，会给你一个Overview:
image
-
大概半小时之后，NCBI会处理你的数据：
image
上传之后
找NCBI要review link
- 一般，我们不会把数据上传之后立即release，所以在文章投稿的时候，需要一个review link，可以发邮件给sra@ncbi.nlm.nih.gov，告知其内容如下(仅供参考）：
image
-
大概1-2天之后，NCBI会给你回信：
image
Changelog
- 作者：石勇
- 日期：20180510
-
观赏打赏：
image
