bismark_methylation_extractor提取甲

运行到这里遇到一个巨坑

sambamba

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bismark erro
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bismark DNA甲基化测序比对-bisulfite-seq
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好吧本来想将两个repeat的bam文件合到一起，想着sambamba快一些，还脑残的进行了排序，结果自然而然merge后得到的bam文件运算时候就报错了。GG又折腾了一天。对于合并bam文件网上搜到的答案是尽量使用samtools cat, 而不影响原本bismark比对得到的bam文件的排布。