用R获取GEO样本信息

来源如何用R获取GEO样本信息

以GSE111229为例

1 下载并保存GEO数据

下载有error可以：设置镜像、翻墙、rm(list=ls（）)一下重试…

library(GEOquery)
GSE_name = 'GSE111229'
options( 'download.file.method.GEOquery' = 'libcurl' ) #windows系统
gset <- getGEO( GSE_name, getGPL = F )
save( gset, file = 'gset.Rdata' )

• 下载得到一个list，需学习list的处理；

2 加载GEO数据

gset包含下载的所有信息
由于gset是列表，故将其转为可操作的数据结构Gset

load("gset.Rdata")
Gset <- gset[[1]]

• 对于向量和矩阵,[]和[[]]基本上一样；
  但对于列表list，如[1]，相当于提取列表中的第1个子表的整体，输出结果还是个列表list；而[[1]]相当于直接提取第1个子表中的所有元素，输出结果就是数列或字符串或向量等与其中元素类型一致的东西。
  实际中，对于列表，尽量采用[[]]直接提取其中的元素对象，不容易出错。

3 用GEOquery里的pdata函数获取样本信息

处理后得到数据框结构的数据

pdata<-pData(Gset)
class(pdata)
View(pdata)

-看到一篇文章，挺好的，有空多看看；R语言中知识点总结（二）

4 dim查看行列 colnames查看列名

dim(pdata)
colnames(pdata)