蛋白与蛋白的互作（和分子对接）

蛋白质相互作用关系数据库（如果无法打开属于网络问题，不要问我）：

1.DIP

实验方法测定的蛋白质之间的相互作用。

2.BioGRID

主要收集模式生物物种中涉及的蛋白质间相互作用，是各种相互作用的数据集

搜索基因名即可出结果，可以导出

3.STRING

实验测定已知的及计算方法预测的蛋白质间相互作用

搜索基因名可以得到互作关系图

4.ZDOCK（http://zdock.umassmed.edu/）

刚性对接，目前可用免费的的都是刚性。蛋白结构用自己预测或者从PDB数据库下载，详见：
如何预测：https://www.jianshu.com/p/f4e37c62399b
如果是下载的，如何预处理：https://www.jianshu.com/p/ed3446ebd2e8

（1）任务提交

步骤：选择文件，输入学术邮箱，最后一个跳过残基选择的框可以选上。然后提交。
同类还有http://vakser.compbio.ku.edu/resources/gramm/grammx/

（2）下载和分析结果

下载top10的结果。

这是一个压缩包，需要解包解压，选第一个complex1.pdb。

用PDBePISA来分析对接结果（http://www.ebi.ac.uk/msd-srv/prot_int/pistart.html）。

点点点

上传即可看结果。我做失败了，所以结果解读下次吧aaa。