2023-03-10师兄让我帮忙做个motif分析（还没解决）

师兄说就看一个基因的，MEME网页的结果不理想

homer的话需要服务器操作，那我就试试吧

#针对不同文件使用的分析程序是不同的

启动子 用findMotif.pl    提供基因名字就行，做成txt

基因组（bed 我认为是测序文件）用findMotifsGenome.pl

一句就跑好了

/home/anlei/WORKSPACE/wangwenjing/software/homer_4.1.1/bin/findMotifs.pl geneID.txt mouse out -start -2000 -end 1000

师兄又想看猪的，我还得下个猪的基因组（实验室服务器不联网，我偷偷联网做的，怕被抓呜呜呜）

#homer官网上提供了自己下载fasta格式自己构建的方法

以下两句运行注意看当前工作路径

perl /path-to-homer/configureHomer.pl -list  查看一下猪的是 pig

perl /path-to-homer/configureHomer.pl -install pig -p

不行 promoter咋安装不上啊

promotor还没有

perl configureHomer.pl -install pig -p

这咋回事啊

看来猪的必须要自己做promoter

怎么做呢  >????还没解决