ATAC Chip

数据量计算

2018-11-12  本文已影响0人  Weiyx

数据量计算:重测序数据 .fq 格式,wc -l 计算出 行数/4 * 150 =数据量。

参考:

另外,miRNA测序,只需要10M read,每条read长50bp,单端测序。

ChIP-seq,需要20M read,每条read长50bp,单端测序。

销售只说多少G,不说reads数,如何把reads数换算成G呢?

这跟测序长度有关:

PE150或2*150,即双端测序,每条read长度150bp。

150bp X 2端 X read数 = 数据量

例如,测50M read,150bp X 2端 X 50M read = 15000M = 15G

注:对于双端测序,一个RNA片段,即fragment,也叫read,会测出来2条序列。

SE50或1*50,即单端测序,每条read长度50bp。

50bp X 1端 X read数 = 数据量

例如,测20M read,50bp X 1端 X 20M read = 1000M = 1G

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