Day 3 Linux环境下软件的下载和安装

思维导图

day3思维导图.png

准备工作

1.确认压缩软件bzip2；
若没有,需要 yum install -y bzip2安装

bzip的检查及安装

2.Miniconda 的下载及安装---最方便的软件下载器
浏览器搜索Miniconda找到linux64-bit-python3.7对应的版本→右键-复制下载链接

cd biosoft→ wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh（复制粘贴为鼠标左键及右键）。eg：sh是脚本（文件的后缀，也就是说其实这是一个下载的脚本，wget为下载命令

conda的下载和安装1

bash 运行脚本命令
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

bash

激活 source ~/.bashrc

激活失败的解决办法

添加镜像

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

miniconda的使用

查看所有软件列表：conda list

搜索软件fastqc：conda search fastqc

安装fastqc: conda install fastqc -y

卸载fastqc: conda remove fastqc -y

eg: -y表示自动安装

conda环境

查看环境 conda info --envs
很具需要设置不同的环境，这里以RNA-seq为例
conda create -n rna-seq python=3 fastac trimmomatic -y
此时默认的环境还是base，我们需要激活一下新的环境
conda activate rna-seq
卸载环境中的软件
conda remove -n rna-seq fastac -y
卸载整个环境需先退出环境conda deactivate,再卸载环境conda remove -n rnaseq -all

学习体验

今天的学习时间充分一些，早上又把昨天的代码演示了一遍，感觉很舒服。今天的内容学起来也很顺，不像是昨天那么慌乱了。

小发现

发现自己在写代码的时候，能够全身心投入而且不会累！！！