富集分析结果可视化

barplot

用散点图展示富集到的pathways,用法如下

barplot(kk, showCategory = 10)

生成的图片如下

图片.png

横轴为该pathway的差异基因个数，纵轴为富集到的pathway的描述信息， showCategory指定展示的pathway的个数，默认展示显著富集的top10个，即p.adjust最小的10个。注意的颜色对应p.adjust值，从小到大，对应蓝色到红色。

dotplot

用散点图展示富集到的pathways,用法如下

dotplot(kk, showCategory = 10)

生成的图片如下

图片.png

横轴为GeneRatio, 代表该pathway下的差异基因个数占差异基因总数的比例，纵轴为富集到的pathway的描述信息，showCategory指定展示的pathway的个数，默认展示显著富集的top10个，即p.adjust最小的10个。图中点的颜色对应p.adjust的值，从小到大，对应蓝色到红色，大小对应该GO terms下的差异基因个数，个数越多，点越大。

emapplot

对于富集到的pathways之间的基因重叠关系进行展示，如果两个pathway的差异基因存在重叠，说明这两个节点存在overlap关系，在图中用线条连接起来，用法如下

emapplot(kk,  showCategory = 30)

生成的图片如下

图片.png

每个节点是一个富集到的pathway, 默认画top30个富集到的pathways, 节点大小对应该pathway下富集到的差异基因个数，节点的颜色对应p.adjust的值，从小到大，对应蓝色到红色。

cnetplot

对于基因和富集的pathways之间的对应关系进行展示，如果一个基因位于一个pathway下，则将该基因与pathway连线，用法如下

cnetplot(kk, showCategory = 5)

生成的图片如下

图片.png

图中灰色的点代表基因，黄色的点代表富集到的pathways, 默认画top5富集到的pathwayss, pathways节点的大小对应富集到的基因个数。

browseKEGG

在pathway通路图上标记富集到的基因，代码如下

browseKEGG(kk, "hsa04934")

会给出一个url链接，示例如下

https://www.kegg.jp/kegg-bin/show_pathway?hsa04934/111/23236/4221/9586/5087/1026/1871/1583/51176

在浏览器中打开会看到如下所示的图片

图片.png

富集到的差异基因会用红色方框表示，更多用法和细节请参考官方文档。