安装包 2020-06-16

在测试maftools的时候，发现使用的版本太旧了，记录一下新版本的安装方法以及遇到的坑。
像maftools这类的Bioconductor的软件，用Bioconductor装就可以了，代码如下：

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("maftools")

但是我装完发现maftools的版本太低了，2.2，有些参数都没有。最新的应该是2.4，检查了一下发现是BiocManager的版本太低3.10，我用的R是3.6的，想要升级一下，结果还是遇到了报错，因为最新版的Bioconductor需要R 4.0。

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(version = "3.11")
# 报错，信息如下：
# 错误: Bioconductor version '3.11' requires R version '4.0'; see https://bioconductor.org/install

所以在不重新安装R的前提下，手动安装了一下最新版的maftools：

# 下载到本地再安装
download.file(package_url, 'maftools_2.4.05.tar.gz')
install.packages("maftools_2.4.05.tar.gz", repos= NULL)

但是有报错，报错信息，参考了一些信息不知道是不是文件没有下载完整：

Installing package into ‘C:/Users/hesy/Documents/R/win-library/3.6’
(as ‘lib’ is unspecified)
Error in untar2(tarfile, files, list, exdir, restore_times) : 
  incomplete block on file
Warning in install.packages :
  installation of package ‘maftools_2.4.05.tar.gz’ had non-zero exit status

换了一种安装方法：

# 移除之前装的版本
remove.packages('maftools')
# install.packages
package_url <-"http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/src/contrib/maftools_2.4.05.tar.gz"
install.packages(package_url, repos=NULL, type="source")
# 成功
packageVersion("maftools")
# 查看lib所在路径
.libPaths()

在linux下操作，用命令行也可以完美解决问题：

wget -c http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/src/contrib/maftools_2.4.05.tar.gz
R CMD INSTALL maftools_2.4.05.tar.gz

参考资料：
R包四种安装方法

Bioconductor安装慢的问题 2020-07-07：

今天用BiocManager::install安装什么都很慢，看了一下这篇
bioconductor镜像修改：
用下面的命令可以更改源，更改后快到飞起：

# 直接选择，更改
chooseBioCmirror()
# 或者 options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")

R包精讲第三篇：如何切换镜像？