16s rRNA

LEfSe寻找组间差异细菌

2020-08-09  本文已影响0人  胡童远

导读

前面介绍过网页版LEfSe的使用方法:用LEfSe寻找组间差异细菌。今天学习命令行版的LEfSe使用。

bitbucket地址:https://bitbucket.org/biobakery/biobakery/wiki/lefse

一、测试数据

数据地址:http://huttenhower.sph.harvard.edu/webfm_send/129
数据格式:第一行是样品名,接着是丰度表

二、conda安装

conda install -c biobakery lefse

三、格式化输入数据

format_input.py hmp_aerobiosis_small.txt hmp_aerobiosis_small.in -c 1 -s 2 -u 3 -o 1000000

参数:
-c [1..n_feats] set which feature use as class (default 1)
-s [1..n_feats] set which feature use as subclass (default -1 meaning no subclass)
-o float set the normalization value (default -1.0 meaning no normalization)
-u [1..n_feats] set which feature use as subject (default -1 meaning no subject)

四、LEfSe分析

上一步格式化结果作为lefse输入数据

run_lefse.py hmp_aerobiosis_small.in hmp_aerobiosis_small.res

五、可视化:LDA结果柱形图

lefse分析结果作为可视化输入数据

plot_res.py hmp_aerobiosis_small.res hmp_aerobiosis_small.png

六、可视化:进化树图

lefse分析结果作为可视化输入数据

plot_cladogram.py hmp_aerobiosis_small.res hmp_aerobiosis_small.cladogram.png --format png
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