生信星球培训第五十四期生物信息学习史

学习小组54期 2nd day-linux--忍冬

2020-04-18  本文已影响0人  忍冬_a284

2020-04-18

今天的内容:

召唤linus
注:除说明外,引用部分均来自:微信公众号生信星球

记录下今天有意思的内容:

  1. mac terminal ssh登录云服务器:
****:~ ****$ ssh ****@****.****.****.****
****@****.****.****.****'s password: 
Welcome to Ubuntu 18.04.1 LTS (GNU/Linux 4.15.0-54-generic x86_64)
  1. 简单命令的使用
    2.1 pwd: print work directory
/home/**** 

 2.2 mkdir: make directory
【此处缩进是用 全角空格强行加戏,并未真正解决标题级别的问题】目前暂未遍历解决方案,如若格式是需要花费较多精力解决的问题,那么毫无疑问markdown编辑器的语法是有很大缺陷的

mkdir biosoft #存放生信软件
mkdir project #存放生信项目
mkdir tmp #存放一些杂七杂八
mkdir src #存放源代码

 2.3 ls

****@VM-0-10-ubuntu:~$ ls
biosoft  project  src  tmp

 2.4 删除

删除的操作对象分为三类:普通文件、空目录、有内容的目录。他们的对应的命令是略有不同的。
(1)删除文件--rm
(2)删除空目录--rmdir
(3)删除非空目录--rm -r
注意这三个命令后面都要跟上你要删除的目录名。
另外,第三个命令可以改进,就是有点危险,曾有新闻,程序员(当然是权限比较高的那种)不慎用了这个命令,直接导致公司破产,因为公司服务器被清空了啥都没了!!!
这个可怕的命令就是rm-rf(别手欠要试试啊)
-r 递归,多级目录一并删除
-f 强制删除,不用任何提示

 2.5 实操

目的:
新建一个文件夹,一个.txt
删除一个.txt,删除一个空文件夹,删除一个非空文件夹

bio01@VM-0-10-ubuntu:~$ mkdir rm_test   #新建文件夹
bio01@VM-0-10-ubuntu:~$ ls
biosoft  project  rm_test  src  tmp
bio01@VM-0-10-ubuntu:~$ cd rm_test    #进入rm_test文件夹
bio01@VM-0-10-ubuntu:~/rm_test$ pwd  #定位
/home/bio01/rm_test
bio01@VM-0-10-ubuntu:~/rm_test$ touch rm_test.txt   #新建rm_test.txt
bio01@VM-0-10-ubuntu:~/rm_test$ ls     #查看当前文件夹内容
rm_test.txt
bio01@VM-0-10-ubuntu:~/rm_test$ mkdir haha   #在rm_test文件夹新建haha文件夹
bio01@VM-0-10-ubuntu:~/rm_test$ ls
haha  rm_test.txt      #此时rm_test有一个空文件夹,一个.txt
bio01@VM-0-10-ubuntu:~/rm_test$ cd haha 
bio01@VM-0-10-ubuntu:~/rm_test/haha$ pwd
/home/bio01/rm_test/haha
bio01@VM-0-10-ubuntu:~/rm_test/haha$ touch hahaha.txt
bio01@VM-0-10-ubuntu:~/rm_test/haha$ ls
hahaha.txt
bio01@VM-0-10-ubuntu:~/rm_test/haha$ rm haha.txt   #试错,删除的文件名要正确
rm: cannot remove 'haha.txt': No such file or directory
bio01@VM-0-10-ubuntu:~/rm_test/haha$ rm hahaha.txt  #删除hahaha.txt
bio01@VM-0-10-ubuntu:~/rm_test/haha$ ls
bio01@VM-0-10-ubuntu:~/rm_test/haha$ cd #回到根目录
bio01@VM-0-10-ubuntu:~$ ls
biosoft  project  rm_test  src  tmp
bio01@VM-0-10-ubuntu:~$ cd rm_test
bio01@VM-0-10-ubuntu:~/rm_test$ ls
haha  rm_test.txt
bio01@VM-0-10-ubuntu:~/rm_test$ rm rm_test.txt  #删除rm_txt.txt
bio01@VM-0-10-ubuntu:~/rm_test$ ls
haha
bio01@VM-0-10-ubuntu:~/rm_test$ rm haha  #haha是一个目录,不是文件
rm: cannot remove 'haha': Is a directory
bio01@VM-0-10-ubuntu:~/rm_test$ rmdir haha  #删除空目录
rmdir: failed to remove 'haha': Directory not empty
bio01@VM-0-10-ubuntu:~/rm_test$ cd haha
bio01@VM-0-10-ubuntu:~/rm_test/haha$ ls
home  rm_test
bio01@VM-0-10-ubuntu:~/rm_test/haha$ cd rm_test 
bio01@VM-0-10-ubuntu:~/rm_test/haha/rm_test$ cd
bio01@VM-0-10-ubuntu:~$ cd rm_test 
bio01@VM-0-10-ubuntu:~/rm_test$ pwd 
/home/bio01/rm_test
bio01@VM-0-10-ubuntu:~/rm_test$ ls
haha
bio01@VM-0-10-ubuntu:~/rm_test$ rm -r haha   #删除非空目录
bio01@VM-0-10-ubuntu:~/rm_test$ cd
bio01@VM-0-10-ubuntu:~$ ls
biosoft  project  rm_test  src  tmp
bio01@VM-0-10-ubuntu:~$ rmdir rm_test   #删除空目录

 2.6 cd

cd -返回刚才的目录
cd 返回根目录
练习:进入tmp目录,然后查看当前路径,然后返回主目录

bio01@VM-0-10-ubuntu:~$ pwd
/home/bio01
bio01@VM-0-10-ubuntu:~$ ls
biosoft  project  src  tmp
bio01@VM-0-10-ubuntu:~$ cd tmp
bio01@VM-0-10-ubuntu:~/tmp$ pwd
/home/bio01/tmp
bio01@VM-0-10-ubuntu:~/tmp$ cd
bio01@VM-0-10-ubuntu:~$ pwd
/home/bio01

 2.7 vi 新建脚本或者文本文档
terminal 输入vi后回车出现的"VIM"

一些vi的命令:

i #insert
esc #退出编辑模式
shift+:  #命令模式
见到最下方的“:”后,可以输入:w hi guys.txt  #按hi guys.txt命名
                           e hi guys.txt #打开该文件
                           q #退出vi
bio01@VM-0-10-ubuntu:~/tmp$ vi
bio01@VM-0-10-ubuntu:~/tmp$ ls
'hi guys.txt'

cat查看并直接将内容输出到屏幕
head 默认输出前10行,tail默认输出后10行,后面加上-n自定义输出几行
例如:head -n 3 hello_world.txt 【注意-n与head之间有空格,-n和3之间空格可有可无】

练习: 查看刚才自己的文件

bio01@VM-0-10-ubuntu:~/tmp$ head -n 3 "hi guys.txt"
1 Hello_world!!
2 .
3 It's my first time writing in terminal for so long and so many charactors.
bio01@VM-0-10-ubuntu:~/tmp$ cat "hi guys.txt"
1 Hello_world!!
2 .
3 It's my first time writing in terminal for so long and so many charactors.
4 Even the poor fluent experience cannot disturb my intersts in linux
5 .
6 now, to test the cat and head command, I have to create another six lines.
7 just like:
8 1
9 2
10 3
11 4
12 5
13 6

 2.8 cp 复制文件

cp file1 file2

example:

bio01@VM-0-10-ubuntu:~/tmp$ cp "hi guys.txt" "hi_guys.txt"
bio01@VM-0-10-ubuntu:~/tmp$ ls
'hi guys.txt'   hi_guys.txt

 2.9 mv 将文件移入文件夹,或者重命名

使用:

mv file 路径

练习:将新文件new_file.txt,重命名为home.txt ,移动到主目录下(路径是~)

bio01@VM-0-10-ubuntu:~/tmp$ pwd
/home/bio01/tmp
bio01@VM-0-10-ubuntu:~/tmp$ mv "~_dir" /home/bio01
bio01@VM-0-10-ubuntu:~/tmp$ cd 
bio01@VM-0-10-ubuntu:~$ ls
 biosoft  '~_dir'   project   src   tmp
bio01@VM-0-10-ubuntu:~$ 

linux自动补全
输入命令后连续按两次tab

  1. 附加题
    3.1 长格式列表
bio01@VM-0-10-ubuntu:~$ la
 .bash_history   .bashrc   .cache   .gnupg     project   tmp
 .bash_logout    biosoft  '~_dir'   .profile   src       .viminfo
bio01@VM-0-10-ubuntu:~$ ls -a
 .    .bash_history   .bashrc   .cache   .gnupg     project   tmp
 ..   .bash_logout    biosoft  '~_dir'   .profile   src       .viminfo

bio01@VM-0-10-ubuntu:~$ ls -1    #长格式
biosoft
'~_dir'
project
src
tmp
bio01@VM-0

bio01@VM-0-10-ubuntu:~$ ls -lh    #看大小
total 20K
drwxrwxr-x 2 bio01 bio01 4.0K Apr 18 12:24  biosoft
-rw-rw-r-- 1 bio01 bio01  298 Apr 18 13:49 '~_dir'
drwxrwxr-x 2 bio01 bio01 4.0K Apr 18 12:24  project
drwxrwxr-x 2 bio01 bio01 4.0K Apr 18 12:25  src
drwxrwxr-x 2 bio01 bio01 4.0K Apr 18 14:08  tmp

 3.2

bio01@VM-0-10-ubuntu:~$ lsb_release -a #查看linux系统版本
No LSB modules are available.
Distributor ID: Ubuntu
Description:    Ubuntu 18.04.1 LTS
Release:    18.04
Codename:   bionic

bio01@VM-0-10-ubuntu:~$ free        #硬盘
              total        used        free      shared  buff/cache   available
Mem:        1877364      301284       99160        5560     1476920     1383304
Swap:             0           0           0

bio01@VM-0-10-ubuntu:~$ cat /proc/meminfo | grep MemTotal     #内存
MemTotal:        1877364 kB

 3.3 层叠文件夹

bio01@VM-0-10-ubuntu:~$ mkdir -p /tmp/tmp1/tmp1.1
bio01@VM-0-10-ubuntu:~$ pwd
/home/bio01
bio01@VM-0-10-ubuntu:~$ cd /tmp/tmp1/tmp1.1
bio01@VM-0-10-ubuntu:/tmp/tmp1/tmp1.1$ pwd
/tmp/tmp1/tmp1.1
bio01@VM-0-10-ubuntu:/tmp/tmp1/tmp1.1$ 

bio01@VM-0-10-ubuntu:~/tmp$ mkdir -p tmp2/tmp2.1     #新建tmp2/tmp2.1
bio01@VM-0-10-ubuntu:~/tmp$ ls
'hi guys.txt'   tmp2
bio01@VM-0-10-ubuntu:~/tmp$ cd tmp2
bio01@VM-0-10-ubuntu:~/tmp/tmp2$ ls
tmp2.1
bio01@VM-0-10-ubuntu:~/tmp/tmp2$ cd 
bio01@VM-0-10-ubuntu:~$ ls
 biosoft  '~_dir'   project   src   tmp
bio01@VM-0-10-ubuntu:~$ cd tmp
bio01@VM-0-10-ubuntu:~/tmp$ ls
'hi guys.txt'   tmp2
bio01@VM-0-10-ubuntu:~/tmp$ rm -r tmp2        #直接删除tmp2
bio01@VM-0-10-ubuntu:

附一张紧急补充的思维导图-


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