预印 | 5414组装人肠道参考微生物组

文献信息：
标题：Human reference gut microbiome comprising 5,414 prokaryotic species, including newly assembled genomes from under-represented Asian metagenomes
中文：人类参考肠道微生物组，包含5,414个原核生物，包括来自代表性不足的亚洲元基因组的新组装基因组
杂志：预印
时间：2020.11
单位：韩国延世大学

摘要：
地理位置和生活方式的元基因组采样偏差是造成肠道微生物物种参考基因组目录不完整的部分原因。在这里，我们介绍了一个实质性扩展的微生物组目录，即人类参考肠道微生物组（HRGM）。 HRGM包含了从三个代表性不足的亚洲国家（韩国，印度和日本）收集的845份粪便样本中新组装的29,082个基因组，HRGM包含232,098个非冗余基因组，包含5,414个代表性原核物种，> 1.03亿个独特蛋白质和> 2.74亿个单一基因-核苷酸变体。与最大的参考数据库相比，增加了10％以上。新组装的基因组丰富了细菌科的成员，包括与高纤维和富含海藻饮食有关的物种。单核苷酸变异密度与肠道共形体的形成率呈正相关。超深度测序促进了低丰度分类单元的基因组的组装，并且低深度丰度分类单元的概况分析需要深度测序（> 2000万读取对）。重要的是，HRGM极大地改善了粪便样品测序读数的分类和功能分类。最后，将人类自身抗原的同源序列映射到HRGM基因组上，揭示了具有高交叉反应潜力的共生细菌与自身免疫的联系。 HRGM（www.mbiomenet.org/HRGM/）将促进与疾病相关的肠道菌群的鉴定和功能分析。