生物信息

全自动分析工具 | 原核生物(基因家族)蛋白功能及进化分析

2020-05-04  本文已影响0人  生信石头

写在前面

Emmm,无意间看到的一个工具。从某种意义上来说,类似真核生物中的基因家族分析自动化工具。当然,差别还是有不少的。虽然我几乎不做原核生物相关课题,不过这个工具相信对一些做数据分析的朋友有一定的帮助 。

TREDN 简介

直接上图,更为清晰。



用户只需要上传一堆蛋白序列或者ID,更或者多序列比对结果,然后啥事情都不用干。这个网页工具会给你:

  1. 构建进化树
  2. 预测结构域
  3. 整理输入基因的侧翼基因
  4. 直接出图【这是重点关键】
    比如


或者


感觉不错,虽然只是原核生物。

写在后面

Hmmm... 文章的题目挺好,内容也还可以。我大体过了一遍,觉得这个工作的完成难度其实不高,不过应该确实可以减少不少工作量。
当然,其中比较让我感兴趣的还是侧翼基因的挖掘。从文章来看,似乎只是抓已有注释的侧翼序列。具体没有查看源码,无从得知。
Anyway,相信做原核生物的朋友会感兴趣。

上一篇下一篇

猜你喜欢

热点阅读