ntSynt 鉴定基因组共线性区块，并可视化
2024-06-12 本文已影响0人
球果假水晶蓝
ntSynt -t 30 -d 5 A.ZG B.ZG C.ZG D.ZG E.ZG F.ZG G.ZG H.ZG
然后得到 ntSynt.k24.w1000.synteny_blocks.tsv
使用 NGenomeSyn -InConf fig -OutPut 画“共线性图”
image.png
SetParaFor = global
######### 基因组信息 ########
GenomeInfoFile1=A.ZG.fai
GenomeInfoFile2=B.ZG.fai
GenomeInfoFile3=C.ZG.fai
GenomeInfoFile4=D.ZG.fai
GenomeInfoFile5=E.ZG.fai
GenomeInfoFile6=F.ZG.fai
GenomeInfoFile7=G.ZG.fai
GenomeInfoFile8=H.ZG.fai
# link文件
LinkFileRef1VsRef2=A_Bsyri.out
LinkFileRef2VsRef3=B_Csyri.out
LinkFileRef3VsRef4=C_Dsyri.out
LinkFileRef4VsRef5=D_Esyri.out
LinkFileRef5VsRef6=E_Fsyri.out
LinkFileRef6VsRef7=F_Gsyri.out
LinkFileRef7VsRef8=G_Hsyri.out
